决战前夜，与主角进行了交心的谈话，之后到从前与恩奇都诀别的山丘上找到了濒死的金固，用圣杯将他治愈。并坦言尽管灵魂不同，但只要是这副“天之锁”的身躯，就永远是自己唯 一的朋友。
在决战当日，向仅剩不多的全国人民发表了演说，极大地鼓舞了士气。 之后在城墙上用自己的魔力注入弩炮，进行着最后的顽抗。吉尔伽美什为了保护主角，受到了致命的攻击，几乎处于濒死状态。而突然加入战场的金固此时解放了宝具，以天之锁的形态将提亚马特全身束缚，直至锁链崩坏。吉尔伽美什目送了友人的二度离去，与身边的伊斯塔诉说了内心的感慨。之后，他以自己作为引诱提亚马特进攻的目标，使提亚马特成功被拖入冥界。此时吉尔伽美什已被判定为死亡状态。
在最后主角准备消灭提亚马特灵核的时候，以全盛时期的Archer职阶再次显现，与主角、重新回归的梅林以及舍弃了冠位资格的“山中老人”一起进行最后的战斗。
战斗结束后，特异点开始修正。吉尔伽美什在自己即将消失前回顾了这次令人难忘的经历，并将圣杯作为旅途的纪念品赠与主角。自此之后，乌鲁克第六王朝得以继续延续。